如果特殊工种档案材料不全，确实可能会影响退休待遇的核定。根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，退休待遇的核定需要依据完整的个人档案材料。如果档案材料缺失，可能导致无法准确计算工龄、认定特殊工种身份等，进而影响退休金的发放。因此，建议及时补办缺失的档案材料，以确保退休待遇不受影响。法律依据为《中华人民共和国社会保险法》及相关退休待遇核定的规定。
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从法律角度，单位对丢失员工档案应承担相应的法律责任。单位应妥善保管员工档案，若因管理不善导致档案丢失，单位需向员工承担赔偿责任，并可能面临劳动保障行政部门的处罚。同时，单位还需按照相关规定，协助员工补办缺失的档案材料。
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针对不同缺失的档案材料，补办方式如下：若招收、分配材料缺失，需向原单位或人事部门申请补办；学历和岗位技能材料缺失，可向教育部门或原发证机构申请补办证明；若劳动合同书等材料缺失，需与原单位协商补办或获取相关证明材料。总之，应根据缺失材料的具体类型，采取相应的补办措施。